De historie van het Gymnasium Celeanum begint al in de veertiende eeuw, toen de Latijnse School in Zwolle werd gesticht. De school had aan het einde van die eeuw tussen de 800 en de 1000 leerlingen, voor die tijd een groot aantal. Dit was mede te danken aan het feit dat de toenmalige rector Johannes Cele zowel in binnen- als buitenland bekendheid genoot als geleerde en prominente figuur in de Moderne Devotie.
Heden
De afgelopen jaren is het ledenaantal van de school gestegen. Dit komt onder meer door een verhuizing van de Veerallee te Zwolle (waar de school sinds de jaren dertig van de 20e eeuw was gevestigd) naar de Zoom, in de wijk Aa-landen. Tijdens het schooljaar 2006-2007 waren er ongeveer 550 leerlingen. Door de 150 nieuwe brugklassers in het schooljaar 2007-2008 steeg het totale leerlingenaantal naar 593, waardoor ook het huidige gebouw alweer aan de krappe kant werd. Om deze reden zijn er semi-permanente lokalen bijgeplaast en is de fietsenstalling uitgebreid. Het Gymnasium Celeanum groeit gestaag door, in het schooljaar 2010-2011 steeg het leerlingenaantal naar 819 en in het leerjaar 2011-2012 heeft de school 900 leerlingen. In de jaren 2011[1] en 2012[2] rangschikte Elsevier in haar jaarlijks vergelijkend overzicht van de kwaliteit van scholen in het voortgezet onderwijs het Gymnasium Celeanum bij de tien beste scholen van Nederland.
Nevenlocatie
Sinds het schooljaar 2012/2013 heeft het Gymnasium Celeanum ook een gebouw aan de Westerlaan, in het Marnix college omdat het hoofdgebouw te klein werd. Deze nevenlocatie is bedoeld voor de 1e en 2e klas. De 1e klas heeft vier dagen per week les aan de Westerlaan, de 2e klas één dag per week. De andere dagen hebben de 1e en 2e klas gewoon les op het hoofdgebouw. Van 2008/2009 tot 2011/2012 was deze nevenlocatie aan de Zerboltstraat.